Auta de Souza nasceu em 1876, em Macaíba, no Rio Grande do Norte. Ficou órfã aos três anos, com a morte de sua mãe por tuberculose, e no ano seguinte perdeu também o pai, pela mesma doença. Durante a infância, foi criada por sua avó materna, conhecida como Dindinha, em uma chácara no Recife, onde foi alfabetizada por professores particulares.
Aos onze anos, foi matriculada no Colégio São Vicente de Paula, dirigido por freiras vicentinas francesas, e onde aprendeu Francês, Inglês, Literatura, Música e Desenho. Lia no original as obras de Victor Hugo, Lamartine, Chateaubriand e Fénelon.
Mais tarde, aos catorze anos, recebeu o diagnóstico de tuberculose, e teve que interromper seus estudos no colégio religioso, mas deu prosseguimento à sua formação intelectual como autodidata.